Zéphirin Malhiot est né le 9 septembre 1856, à Bécancour, comté de Nicolet, province du Bas-Canada. Il étudie quelques années au Collège de Nicolet, puis au séminaire de Trois-Rivières et au Collège Saint-Francis, à Richmond, Québec, où il améliore son anglais.

En 1876 il obtient une position avec le Québec, Montréal, Ottawa & Occidental Railway. En 1878, M. Malhiot est envoyé à Montréal dans le cadre de la section de l'Est du Chemin de Fer. Suite aux quatre certificats de compétence reçus en 1877, 1878 et 1879, il est autorisé à faire de l'arpentage et de la construction ferroviaire.

Pendant l'hiver 1879-1880, il reçoit la responsabilité de tous les travaux en cours de la division extrême (40 milles) de la section " A " de chemin de fer entre English River et Eagle River, incluant la révision du chemin de fer, la construction de gares et de maisons des ingénieurs permanents. Il fut membre du comité de réception du Gouverneur Général du Canada le Marquis de Lorne, au terminus du son voyage transcontinental en 1881. En 1882 il se trouve à Winnipeg, avec la plupart des contracteurs, ingénieurs et arpenteurs qui avaient travaillé pour le chemin de fer. La même année il est chargé de la reconstruction du Pont Broadway sur le Red River, fini au début de 1883. Après, il prend la responsabilité d'une division de 40 milles de la section de chemin de fer d'Ottawa à Port Arthur, de Magpie River à Dog Lake, et aussi de la construction d'un chemin pour l'approvisionnement en matériaux.

En 1886 il est chargé d'établir la direction du chemin de fer de Montréal à Levis, Québec. Zéphirin Malhiot épouse Domiltide (Tilly) Hart en 1887. En 1899 il est nommé ingénieur en charge du Dominion Department of Public Works for the North-West of Manitoba, avec son bureau à Winnipeg. Il passe la plupart des ses dernières années d'activités en Alberta. Il a voyagé de Québec en Alberta et aux États Unis en construisant durant son voyage de chemin de fer, des ponts et des stations d'énergie.